Blg00668.2 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlg00668.2
Unique NameBlg00668.2
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000003:8394984..8407284-

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Blg00668.2 ID=Blg00668.2|Name=Blg00668.2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=12301bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000003:8394984..8407284- (Branchiostoma lanceolatum)
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AGCTTGCTAGTACAGGGCAAGGTTAGCTTTTAACCTTCAAAATTCTTCAA AATACCATTTTAGCCAATACAAATTTGGTGCGAATTGCCAAAAGGCAAAA TCAGCAGGGAGAAGGTTAAATTATTCAATTATTGCATCTTTGCTGAATAT TTTTTTGGAAAAGTATTGCCATTGCATTTTATGAGTCTGTAGAGTATGCA GAGTAAAAAGAATAGACGTGGTAGGACTGTATTGCAATTTTGAAATTTAT TGTTTGATTTTTAAAAAATCATGTAATTGGATATACAAGTAGTGTATATA ACCATGTTTAATTTAACACAGACATCTAGAGGTACGAGTGGTACAGACAA ATTGTTTAATGGGGGCCTGCATGGGGGTAGAAGTGGGGGAGAACCATCAA AGCTAAATTCAGAAAGACACAGCTACTAGTATGTATTACCGACTGGCTTT GCTTTACACTAAATTCAGGCACCTGGCTTGTGCTGTGCCGGGTATACATT TACGATCTACGTTAAATTTCAACTGTTCGGCTGCAAATTACTTGCAGGCC CTCTTTGATTTTTCTGTATATCCAAGAAATCTTTTTTATGTCATGATTAG TTGCAAGCATTGAAGTTGTTACTATCAGGCTTTCACAAGTTTCAATGCAA AATTGTTTTAATCTTTTTCAGTCATACTTTGTGACAGATTATGACCCAAC AATAGAAGACTCCTACACGAAGCAGTGTGTTATAGATGACGAGGTGGCCA GATTAGACAGTAAGTTTACTGCTTTACTCTTCCATCTTTGAATTATTATA AAGTCTATAAATATAATTTTTTTTGTTTATCAGAGTTGAAATACCATTCA TTGTCTATATGCAAACATTGTTTTCTTCTGAGTCTTACTTTTTTGTTTGT TTATTTATTTTTTCAGTTCTGGACACAGCAGGACAAGAGGTATGTTGGAT 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AGTGGTGAGTGATTGAACATCATAATTACTAGTACAGTAGTAGTTCAACC AATGAGAGAATGCCAATTAGTGGTTTGACCAATGAGAGAGTGGCTGCATT GAGCAACAAGCTGCAGATCTGGATCAGCAGAGAGTGGTGAGTGCAATACA TGTACTATGACTATGAGCATGATATTATGATAGACCATCGATATATACTG CTTGTCAAAGTTGAAACACAATTATCAGTTCAACCAATGAGAGTGGCCAC ATGTCCTGTTCTAATTGGATTTGCTGACCAGCAGTCTGTCCAATCAGAAT CAGTGATTCAGACATAAGTTGAGGTTGCCAATCAAAAAGGAAGACACACA CAATCAGAATTGTAATATGTGTTCGATAGCCATGAATACGTTGTTTAAAG AATGGGCATTACCTACTTTTTTTCCTATACTTGCTACTACATTGTACTAA CTAGCTGTTTGCTGATCAGGTTGTTAACTAGATTACTATCTAGCTATATG CTAACCAGGTTATTGACTGTGTATTAACCAGGTTTCTCAAGAAGAAGGTC AGGAGCTGGCCAGGCAGCTGAGGGTGGGATATCTGGAGGCCAGCGCCAAG ACCCGCTTGAACGTAGACCAAGCATTCCACGAACTTGTTAGAATAGTCAG GTAAGCTTTTCTCCAGGTCTATAGAGTTTCAGTTTGTTTCTTTGTATCGC ATGACTGGTAAACCACTAGTAAGTTGCATTTGAAAACGAAGCAGCAATGA TATTTTTTGAGAGCCCTTTTTGAGGGTCTGCATGCATGCCTTTTTCCGTA AGGCGTAAAAATGGTGGCCCACTCTAATTCAATATGAATTGTTGTCAGTA AGATAATTGTGAAGCGTTCTTGTTCACTTTGATTCTACGTCGCACGTTAG TTGTTTTTTAGATGTATTCCTTGTTAAGACGATTTTGACAATTTTTTTGT ATCGGCTTGTCAGCCTTTGAGTCCTACAAAGTCTCAACAGAGTGTCTGGT TGTCGCAGCATAGTTTTAGCAATCGAGATACCTGAATCTAGCAAAGTGCG TACGGGAATAACTGTCAATTTACCATCAAGCGTTGCTGGCCATCCTGAAT GTACAGTTTTGTGTTGCCAGCCTCCTAGATTTTTCAGTAAGTGTCGCCAG TACCCCCAATGCAGACCCTCTTTTTTGAGTGGAACATCCTTTAACGAACA TCTTGTTCCATAGGAAATTCCGTGCAGAGGAGTGTCCACCTGTAGATGAA ACCAAGCAGAAGAAAAAGAGGAAATGTACCATCTTGTGAGACACAATGAA CAGGCACCTAGCCACGTTCACAACCTACAAGTACATAGTGTATCAATAAA AGAAACAATCTGACTTTTTAAAAATATGCAGATATTATGTCGCTAACATC AGGAAAAAACCTTTTAACTAATCGTAAGAAAATAGCTAGGGACAGTAGAT GGTTATAGCCATTTTAATAAATATCTTTTAGATTTTTAAAAAGTTATTGG AAAAAGCAAAGCAACCTGTTAATCACCTAAAGTTGCCGTTCAAACTTGTC TGGCAAAAAATATGTGTAAACATACGCAATGGTATAACTTCTAATTGTAA AGTTATGTGTATTATGTTACTGTTCTGGTTTTGGTATATATATATGCAGC CTTCAGATTGATATTAAGTATTTTCAGGTCTGAGATTTTTGCATTCAAAA GATTTTTGATCTTCATACACAAGTTACTGATTTTACATGTTAATCCTAAT ATTGATAATCTTTGTCACACAAAGGTTTTGCTCCTTGATAGAGTTTACAT GTATATACGTATTCCTTATCATCAGTTGACATTTACTGTAAATCTTGAAA CGTTTGGCGTGGTTTTATTTTTGTGGTAACCTCACCACCACAAATTCATG ACACTGCGAATACGTGTTTTCAATGTATTTCAACTGTGCTACAGAATTGT TTCAACATCGAATCAAAACGTTGGACAAAACCTCCTTTACTGTCCTACCA TGAAATAAAACCACCGCGAAAGTAAATGACTTTACAGTAGGTTGGAACAA TCTTCCCTCAGTTTGTATTGCACTGTCTAGGTCCTCAAATTCTACACTAG TGTCACACCCTAAACTGTCATTGAAGGTCAAAAACAAGTGAGGGTAAGCA ATCCGTTTTAATGAAAAGAATCAAACGTAATGTTTCAAGCTGTGAAAAAA AAAACTGCTTCTTCTAAAGTCCATGAAAAATTTAGTGTAGAAAGAGTCAA ACATTGGGACAGAAAAAGGATACTGTTAAAAAGGGAAGCTTACCCTTTCA ATTACATTAAAAAAACTCAACAGCGTCCTATAGCAAATTATGTACATGTG TCATTGAAATTTTGTAGCTGTTTTCCTGAAGTGCCCAGTGGTATAAAAGT AGTTCTAATAGTGGCAGAATCAGTGAAACTGAACATAATTATTTTAGACA ACCATGTTTTGCAAATAGAAGCAGTAGAATTCTAGATTATCTAAAATGAT CAATTGACTGTATTTGCCTTATTTCCAACAAACAAGACCTTATCAAAAGG TTGGGACTGCCTATTAATTATGTACACTTAGAGGTAGATTTTGCTGTTTG GGGAAAAATTTCAATGACGACTAGTCTTTCTCAGTCCTACATGTACATGT ATACACACATGCACAAAATTAAAAACGGTACATGAGATTCTGTCAAATAG TATTTAATTTTTTTCAATCGTGTCAACACTAAATGTGCAAAAGCTGGTAT ACTATGCGTGTACATGCATCTCAAGTCATTATTCGTCATAATGTCCAACT CAACATTTTGTAGTTTTATTTTGTTTTATTTTGTGATCATCAGCTAATGT AGTGAGTGCAAAACTGCAGCGGTATTCAGATATGCAAATGATACAATAAG CTAGTTGAATGTTTGAAGTGCACATGTGCAGTGAGATGCATTGTGGGTGA TATGTCAAAGTTGAAAACCCTTTGGCAATTCGTGTAACCAGAGGCCTTCA ACTTTGACATTTGCACACAATGCAGTAGTCTACAAACAGTGAAATAGACT GTGTATTCTATATATAACATGAGAAGGACATTCAATAATCTTTGTTTTAT TCATTATGCTGTTGGAGCAAGCTAGGAGCTTTTGAAAATGGCTTCCCATG TGCAAAGAAACTGCATTGTGCGCTATTATGGAAATGTGGAAAATGTTTAT TGGGTCTGCTTTGATAGACCTGTATTTTCAAGGCGTGCAACTCTATCCAG ACAAAATTTCACCTCTGTATTATTTAAATCAGTGATAACCAATGCTCAAA TGTTCATGTATATGTAAAATTCAAGACCCTAAATAAGAAGTACACTTGTT ACAAAGTACATGTAGCAGCAAAGATTTCTTTATCAATTGTGCCTACAGTT TTCAAGTAAGATAGAATGTGTACAAGCCATGTATAGAGGAATGCCTTTTA ATGTGTTACTCACTGTTAGAAGAATGGCACAATAGACCAACAAAAAAGCA AACTGCTTGCAGCCATAACTAGTAAGAATCAATCTTGACATAATCTGTCA AAGATTTGATTTAAAATCATGCCTGTATACTTTTGATTGGTGGAAACCTT GCATGAATATCCCTGCTGCAATATAACTACTGTTGTGTGGGCAGATTTTT TGGCAACTCCTCAAGGGTGGAGCTCTCTACTTCTTCCACTCTGACCTAGA GCATTCACTGCAGATACACTGCTAAACAGTAGTACAATAAGCTAGTTAAT GGTTTGAAGTGAGCATGTGTATTGTCATGCAGTCATATGTTAAAGTTGAA GACCCCTGGCCATTTCTCTATATGTTGCCAAGGACCTTTAACTTTGACGC ATAATGTATTCCCCCCGCTGCACATGCAAACTTCAAACTGTGAACTAGCT TATTACATGATTTCCCTTTTAAAGGCTGAGAATGTAAGACTAGTTGTAGT AAACAACTATGTACATGTATGTTTCTCTTAGTTGTGTATACGTTCTTTGT ACAAACTGTTTTCCACTGTTATTCAAATAATCACTGTGATTATGTAGCAC ATGTTCTAACTCTCATCATGTTGTTTTTAGAGATATCAGTGTTCAATTAT GTTTATAACTTCATGACAGGGTACATGTACAAATGTATGTACACGTACTT AGCATGTTAAGTCAGTATGTTCAAAGATATTTGCAACATCGTGCTTGTAT GGTTGACTGTGATACATGTATGTTTAGTTACTGTAGATTTTTGAAAAACA AATTGTAGGTATATACAATTACAAAATCAAATCACATGTTATTGGGACCT GCCCATTACTGATTTCAATTTTCCACCTGACATCTGCTTGGAAATATCTG TGTTCCAATACATGTATTACGACAAACTTAATTGTCTATATGAAGTTATA TATAGCAATGCTGTTTCCTATTAACATGTCGCCATTTTCTGTTTAAATTC TTGCAAAAGATGCACTTTATTGATTTGTTAAGAAGATAGCAGATGTTACA TATACCTGTATCTTTGAACATAGTCTAACTGATTTTCCATCTGTAGTGAT ACATGTATAAAGGCATGTAAGATATCATTTTACTTTCACAAGCCTATCTT CACAAACCCATTTTTATTGTAGTAATCTTTTTTCTGTTTTGCAATTGGAG GTTTATTTTGAGTTTAACAGTTGTTGTATAAGCTGATTCATGGTTTGAAC TGCACATGTGCAGTGTGATATGTCAAAGTTGGAGGCCCCTGAGACAAACA AAACATGTCTGGACGTACATGTATCAAGCATGGCCTAGACAAGAACTGTT TACAAGTTAGCGTTCCTTCACCTTTGACCTCTTGCCATGCACAGTTCAAA CTTTGAACCGGCATATTAGCTACCCTGTCAAGTTGAACACCATGTACAAT CTTATGTATTTGTCAATGGAACTTTAGTACCCCTTGCTAATTCGAGTTAG CTATTGGGGAAAATTAACACGTCTAGCAGTTATAGCAAATTTGGTCGTTC GAGGACCAAAAACGTTGCGGTAGCGCCTTTGTCTCAAGAGCAGTTTTGTA CAGATGTGGCTAATTTTTTTAAGCAGTGAGCGCCACACTATGCAATGACG ACAAAAATGACCCTGAAGCCTTGTACAGTGAACTAACCGTAGGTAGCGAT GGAAGGCAAGCTTGGCTTCGTAAAATTGTAACTTTGCAGTAAGAATAAAG AAACTCTTACTTTTTGTATTTGTCTGTGTGGTCTGGTCAGTGCTTAGCAG CTAGCTAATTTATTTAGATTTACCACATTTGTGGAATGATTGATATAGAT CTAACAGGTGACTCACCTTTTCAAGATGTCAACCCGGAAACCAGACTATA AGGTTTGATCACATTAGTATGGACCCTTACTCTTTTCAACAAGTATGGCT CTCCTCAAACACGGGACCTCCAGCTTTAAGTCCCATCAGAGAGCAGAGAG GATATCCCTAACCTAAGGTAGGTACTCATTTTCACCAGAGTTGAGATATT TGATCACATTAGCATGGACCCTTACACTTTTCAACAAGTATGGCTCTCCT CAAACACGGGACCTCCAGCTTTAAGTCCCATCAGAGCAGAGAGGATATCC CTAACCTAAGCTAGGTACTCATTTTCACCAGAGTTGAGAGTTTCACTAGG G

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000003:8394984..8407284-

>Blg00668.2 ID=Blg00668.2|Name=Blg00668.2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=594bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000003:8394984..8407284- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGTCGAGAGAAGGGGGAAACCTCAGCCAGAACTACAAGTTGGTGGTCGT
CGGCGGTGGAGGTGTCGGAAAAAGTGCCCTTACCATTCAATTCATCCAGT
CATACTTTGTGACAGATTATGACCCAACAATAGAAGACTCCTACACGAAG
CAGTGTGTTATAGATGACGAGGTGGCCAGATTAGACATTCTGGACACAGC
AGGACAAGAGGAATTCAGTGCCATGAGGGAACAGTACATGAGGACAGGAG
AAGGATTCGTACTGGTCTTCTCTGTAACAGATAGAGGAAGTTTCGATGAA
GTGTACAAGTTTCACCGTCAAATCCTGAGGGTGAAAGACAGAGACGAGTT
CCCCATGTTACTGGTGGGCAACAAGGCAGATCTGGATCAACAGAGAGTGG
TTTCTCAAGAAGAAGGTCAGGAGCTGGCCAGGCAGCTGAGGGTGGGATAT
CTGGAGGCCAGCGCCAAGACCCGCTTGAACGTAGACCAAGCATTCCACGA
ACTTGTTAGAATAGTCAGGAAATTCCGTGCAGAGGAGTGTCCACCTGTAG
ATGAAACCAAGCAGAAGAAAAAGAGGAAATGTACCATCTTGTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00668.2Blg00668.2-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8406959..8407284Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8406959..8407284Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8401776..8401863Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8401776..8401863Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8401596..8401618Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8401596..8401618Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8401320..8401346Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8401320..8401346Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8401146..8401198Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8401146..8401198Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8400631..8400739Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8400631..8400739Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8399985..8400103Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8399985..8400103Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8394984..8399421Blg00668.2-exon-Sc0000003-1570713199:8394984..8399421Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000003genomeSc0000003:8394984..8407284 -
Properties
Property NameValue
GeneIDBlg00668