Blg00485.4 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlg00485.4
Unique NameBlg00485.4
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000042:1123933..1134809-

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Blg00485.4 ID=Blg00485.4|Name=Blg00485.4|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=10877bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000042:1123933..1134809- (Branchiostoma lanceolatum)
GGTCCCAAACGTGACTAATTTTTCACACAGCCACACCTAGTTGTAGCTGC AGTGCAAAGTACAATTACAGCCAGTCAGTATTGCTTTGAGGATGTATATC ATGTTTAGGTGTTGTCAGTTGGTACAGGAGGTTGGAAAGAAGAAGTTTAC ACTCACATATTACAATTACAAATGTTTGTGCTGGCACAACTGCTGCTTGT ATGTGTGTCATTTCTTGTTTCTGTCCAAGAGGGTGACGTTTTCCATCTCT GACTGCGTTGTTGTCTGCCATATTCAGGTGTTGTCAGTGTGTACAGGTGG TTGGGAAGAAAAAGTCCCCCGGCCTCCTGTCACAGCCGATGTTTGTGCTG GCTGTATTGCTGTTGTGGAACTTTGGACTCCTCATCGTGGACCGTATCTT TTCATGGCAGGGTTCAGTCAGTCAATCAATCAATCAATCAATGGACCAAT CGATCAATTAATTAATCAAATAATGAAAAATAATTGAATGTATTAATGTT TTACAAACAAAAATACTTTTAAATAGCGATGATGCATTTACATCTATGCC CCTACAAGTGTTTCCATATTTCCTGATTTATAGTGTCTAAACTTGAACTT GAAGAAAGCGATGATCATACATCTACCAATACAATGCATGTTATGCAAGT AGATTTGATAACTTAACAGTTTATTTCAGACATCCATTTCCAATACAATG GTTTCCTGACTGGACTCAAGCTGTTGTCAATCGCCAGGATTCTACAGGTC GGAGGTCATGATGCATAATCTAGAGCTTTTGTAGTGATGACGTTTTTTGT AAGACTATAAGAAAATAAGTGATGACAGAATAGTAGCATGAACTACTTAG AATTTAGAAAGATGATACAACAGTTAAAAGCAGGTTTAGTGCTGGTTTAA ATTATCTGAGTACTTTCTAATTTTGTATGATATATTTCATGATTTTGGAC 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AGAACAGATTACAGGATTTAGGTTTGAATTATATCACTTTGAAATTATTA CATTTGATGGACAGAACGGGAAAATGATTAGATGGTGCAGTTAAAATTTG CAGGGTGCAGGTAGTTTTATGTTACTAACATTATAGTAACACAGGATTTA TTTACTATGAAGTATGACAGGAAAATACAGTACTGAATTTCAAGTCCTGC GACTTATTAGTCAGGGAGGCTGTAGGTTGATTATGTGGCGTGAAAAGCTA CCCCTTCTGATTTTTGATCCGAAGCACACCGCGACCTACTCTTCTCGATA TTAAATTGTTTAGTTCATTTAATTGTTACTCTGCTTTTAGAGTATAGATA CAAGTTTAAATACATTTTTTAACATTTCCTGGCACGACATACACCCAATC AAGGAGGCTATAAAACCTCCTTGACCCAATATATTTTCCACAAGCGAGAG TGATGTGCTTTATTGAAATTGGCAAAACCAACCTCCTTGGCAAAACTAAG AATTTTTCAAAAGCAGGAGACTCTGATATCAAGAAATAAGAAAATACCCG TTCAATTACAGAGGTGTTTAATTTTTCATAACTTTGTAAATCTTCCACTG TTGACTTCTCTCTACTTTGGAATCTTTTAAAATCGAATTCTTTAACCTTG TTGTTTCAAGGAGGTTATATAGACTATATAACCTCCTTTGTTGTTTGAAT CAAGGACATTATATAATATTGTCCTTGTTTGAATGGAGCGTTACTGAGCC AGTCATGATGTTGTGATAGTGATGTTCATTTGCATACAGGAACAATAGCG GTGGAAGTCTGGGCTGCATAACAATGTGAATACATTATGGTTTCTCAAAG ATTGGTGGATGTTTGTGGTGGGGATTCCCAATGCGTATTGACGATTTCTA AAACAACTTCGCTAAAAGGTTTAGGAGTAACTTAAGCTACAATACGGGTA CAGGGTGTGCGCTGTTCATTGAAAAAAAAATATGGTACTTAAATTTACAG ACACTGATAAACGGCTTGTTTAAAAGATAATAAACACTGATAAACTTAGA AGAGTATCGAAGCCACCTCTCCCGACCAATCTACTACATATTGTCTATAG AATTCTTGATAGTGTCAATGTCGATCGATTCGTTCAGCCCTTGAAACAAT GCACATAATGACGTAGTTGCAAGGATTCGCCTTTGTTTTCGCAATTTGGT TTACACAAATTCACCCCATGGTCTGTTATCAAATGAGTCTTGTCATTCAA GTTGCTATCTAATTAAGTAGTGTCACCGGTTGAGACAGAAAGTGTGGGGA GGGGTGCAGCACAGTTTTAAAAAGTTTGCGCAAAAAGAACTGCCAATACA CTTGTCGAGGAGAAGCGTAGGGGTGACGCATGACGGTAACCGGGACACTG TTCTTGGCTATGATATACAGGAGTTGTAGGGTTTTCTGCTGCATTGATTG TACTAGTACTTTTAGCTACAAAAAAGCATCATGCTTGTCCTCAGTCTGAT GTTCCACCACTTTTTTTACATAGATAATATCACCTTGAATACATTCGTAA AAAAGCCATATGGAATGAAGAGCTATCTTGGGAGATATACCCATGCAATT CAAGTGGGGAGACTGACTTATTCATAGTTATAATTGGTAAATGCAATCAA ACATTTTTTAACCTGATATAAAAACATGCTAGCCACACCAATGTGTTAAC TAGCTGCCATCTGAAACACATTTATTAAACAATAACTAAAGGCCACGTTC ATGATTAAAAAAATAAAATGCTTCAAACCGTTTCGGATGAACCCAGAATT GAAACGGTTAACATTTTGCGTCAGCAATGCAAACTTGCACCCGCGCTGAA AACGGTTTACATTGAATTTGCATAACTCTGTTGTAATCCCGCACCTCGAG 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ATCTTTGCCATTAAGGAAAACCAAGGAGGTTTTGTATATCCTTGGTCAAA TAAAGATGTTATATTCATGGGCCAAGCAAGCAATTAGAAGGCTTTTGATC GATAAGAGAATCAAAACACCAATCAAGTTATACATGGTCTAGACCCTGCT AAAAAACAAACAAATCCACAACTCAGGACTCGAAGCATATCTTAAACATT GAGCAAGGAGGTTTAATATATAGGCCTGTAACCTCCTTGCATTGAGGCTT TTTTAATCTCTCAAATACAAATTATGAAAATTCCCAATGATTTCTTAACA TTCTTTTTTTTTTTGTGAGGGCCAAGGGAAGACAATTGGAACTGTTACAG CTGAATTTGATTTCTTTCTTCAAGGTTTCTTCAACCTTACTCTTTAAAAA AGGTCAAAATCGTTTTACACTGTTACATCTTGGTTACATTTATCACAGCT TATATGAATACAACCAAGGTCCATTATACTTTTTTTTCATTCTTTGCAGA TGTCCAGATGTCCTATGTAGTCAAGCTAATTGACAACATAGCTTATTAGT TTGAAATAATGTAGCACTGTGATCTGGTAAAGTCAAATCAAGGAGGTTTG ATAGTCGCTTCTTGTTCAAATCAAATTGTTCACCTCAGGAGAAAATTGTC AAATAAGTGCTAATTACACTGACTAGCTAGGTGTGATAACTCATTATGCG AGTGTTTTCAACAGTGTAGAAGGACTATTTATTGCCCATTTTCATTGGGA TAGCCCACTGTTAGCCCCCTGTGGCCCCAGTTTAGTCGCCAGGCCGAATC AATGTAGGTATGGGTTGGGCAACTTTAAAAAGGAATATCTTCATAGCTTT ACATCTTATGACCAAAGTAAAGGCACCACAACGTAAGGGAAATCATGCTC TTTCAAATGACATGTAAAACTAAACTGTATGTTCAGTAGAAAAAAAGTTG GAAAATTGGATTTCCAAGATGGCTGCCTTGAAATCTGGAAAGTGAACTCC CGGATTTGAACTGACTAGTGTTACTATTAGAAATTGGAAAAATAATGGAA ATCTTTAGATCTCTTTAAGTATACACAACTCATGCCATATGTCTGCAGTG TTTGTATGTTGATAAAGAATTGAATTGATTGATTGATTGATTGATTATAC TTAGTATAAAAAGGAGCACTTGATCTCTGACGTGATATATACATGTGCCA TGTCACCATGATTCTAAAATTTATGTATATATTGTATTCTTTACAACATG GTGCCTTTCCACTAACATGGAAGCTCAGAATAAAAAATTTAAAGCAATCA GTGTCTCCCAACTCTGTCCTCAGACGGGCGTGTCCAGTGGACCAGTCTGT CTGTGCTGAACCTGTTAGGACTGGGGGTCGTCGTACTGGAGGTCTTCGCC ATCTCGTTGGGACCCTTCATTTTAATGGTACGGTCTGTGGTATGGTGCTA TGAGTGTTTTCATATCAGTATTTACCCCATGATATATGTGTATGTTGTAT GAAAGTATCTTTCCTTGTGTAAAAAAGTTTCGGTTATGATTTAACCTGTT CTTACAATGTATTGTGTAAGGCATGAATCTCATTTGAATGTTGAATCTTA ACAATACATGCCCAGTTTGCTCAGTCTGATTTGTCTGCATCCACCATGCA ATGGAGCTGTGTTACAATTGTGTTTGGCATTATGCAATGTTGTAGTTACT ACATATCAATATCTACTGTGATTTTTAATAGGGGTTGATATTCCATCTTC TTCATCCCTGACTATGTGATGGATCAGTCTGACTGTGGAATTTGTCTATT TTAATGTGATAATTCAAGTGCGATTGGGATTGTACCTTGCCTTGTTCGTT TATTAAATTTTGTTTATTTATTTTTTTTCCCCAGGGCCAGCTAGGTCAGG 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GTGCACCGAGATATTTTTGTACGTACTCTATAGGGTAACGGTTCTCTTGT ACACTAGCATACAGAATATTCTTGAAACGTAAGTATCAGAAAAAGAAATA TAACCTTTTGTTGCACTTAAGTTGATGTATTAATACATCAATATTGCTTG GTTGAAATCTGGATAGAATTACAGATTGAAGTTCATAAGAGAGGCAGTAG CGTCAAACTTATGTTTTGCTGACATTCAACTTTATTTTATGTGGTGCACC CAAAATTTTTTCTGTGCACCTAATTTTTTGATTGGGTACACCAGTGCACC TATTTCCAAAAAAGAATTTCGAGCCCTCTATGCTATATTTCTTTCACTGC AAAGATAAAAATGGTACTGAATGTCGTGCTATGTTTCTTTCACTGCAAAG ATAACAGTGATACTGAATGTCATGCTATGTTTCTTTGACTGCAATAATAA CACTGTTACTAAATGTTGTGCTATGTTTCATCCCCTGCAGTTTGCTGGCA GTAGAAAGTCGGCAGGACGGCCAGGTGTTCCTGCTGCTCAGCACCTGCGG GCACCTGTCTCTCTTCCCCCTCCTCTACACACAGGCAGGTGAGGAATCCC AATGATCTTTTTTACATGAAAAATTGCATTGCATTGTTGTTTTTCAACTA CATGTACATCTAGCAATATCACATTTGTAAATTTTTGTATTGTATGCAAA ACTGTAAAATGAAATGAATCTGAATAATTTTTCTTTGAAATCTTTATTCA ATATGCCACCTTGCAGGCTAGTTAAGTCTGAATTAAGATGGTACAATGTA AATACATTTACACATACACACCGGGATTACATTGTTGTCTTATCAAAACA TAGAGTGCTATGATCTTATTAAAACACTGGTCGTTAACAATAATTCAAAA TATCTAAATGTTTTAGAATGGGGCAAGATCTCTAAAATGTCAATAAGATA TAGTTATACAGTTGTATGTAGGAATTTAAGATTGATTGACAGATAGTCAT CCTCTGTGAATAGCTTCATCAGGTTGGTAAATCACTGAATAAAAAGACAC AGCCAAGTGATTTATTCAAACATTGTTTAAATAAATCACATAGTAAACAT GTAATTTGTATGTGTTACTGAATACATTATTGATATTCCCGCCCAGAGAC CCCCAGTAAAGTGTGCTTGGTGCTGATTTTCTCACTGTTCGCCTTCATGT CCCTGGGAGCGCTGCATGGGTGAGTTTTGTTTGTCCTTTCCACTATCTAC TTACCTGTGTCATCGCAATTTAGCATTTGAAGATAGATACATGTACCATT TCATAGATGCCTTGATTTAGATTTTAAGGTACCTTAAAGATACCATTTTA GCCTCTTTGAACTTTGAAAAAGGCAAAAAAGTTGGCAACTTTGTAAGGTT GAATGTCTTTTCCTCTAACTTATTTTAGCGATTCAAGCTTCTTTAACATT TTACCAGTAGCCTAACTCTGTAACCAATAGAGAATTGGGTGCCAAGTTGA CGGCTACTTCAGTGTGCTAAAGGTTAAGACTTTGTTTTACTCAATCTTGA ACTGGTAACTAGTTATCACCACTATATATATTATGTATTTTTTTCTATGC ACCCCTTTTTTTGTTTGTTCATTGTTGAACCAATTGCCCCACCACCACTT TTGTCCTAGATGCTATGCCCCATGCGGGATCTTGTCTAGTATTGTATAGA TGTAGATACATGTACATGTAGATGTAAATGTAGAATGTAGATGTAGTAGT CATGGCTGTTACTTTTTTTAAAATATTTATTCAGCAGAATAAAAGAACAT AAATAAATACAACTGTATTACATGATAACATTAGAGTACACACACACACA CACATGCTAGTTTTTGAATACATTTTGAAGTTCGCCCCATTTTCTATATA CATGTATATAGTGACTACTTAACTTGTTTCTTCTTCCTGCAATGGTTTCT TCTTGATACTTGAAATTATTAACAAATGTGATAAATCTATGCAACAAAAT AATGGCTGTTACCTGTTACTACAGCTCCAGTAGGAGACGGCCGTACTGCC TCCCCCTCCTCTCCCCTGTGGAAACTGTGTACGTCGTCGGGCTGGTGTTA CTCCAGTTGTACTGCAGTCTGGGCCATCACGCCCTAGGTCTCACCACACG CCTGCCCTTCCTCCCTCTCATGCTCACATCAGTCTACTGCGCCCTGGGGG TTATGTGGTCTTGGCTCAAATTTTACCTCAACACTTTGACCGGCGTGCAC CATTTAAAACAGTCTTAGGGTCGTTCCAATGGACCATTCCAGTCGAACAC AATAAGCCACGCCCCCCTGTTCTATTT

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000042:1123933..1134809-

>Blg00485.4 ID=Blg00485.4|Name=Blg00485.4|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1170bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000042:1123933..1134809- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGTTTGTGCTGGCTGTATTGCTGTTGTGGAACTTTGGACTCCTCATCGT
GGACCACATCCATTTCCAATACAATGGTTTCCTGACTGGACTCAAGCTGT
TGTCAATCGCCAGGATTCTACAGAGAAGACATCTTGAAGGAGCGTTCTGG
TTCTCCTTGCTGCTGAACTTCAAGCACATCTACCTGTACATCGCACCTAC
CTACTTCATCTACCTGCTCAGGGCACACTGCTTCACAAGGTCAAATAGAG
ACGGGCGTGTCCAGTGGACCAGTCTGTCTGTGCTGAACCTGTTAGGACTG
GGGGTCGTCGTACTGGAGGTCTTCGCCATCTCGTTGGGACCCTTCATTTT
AATGGGCCAGCTAGGTCAGGTGTTATCTCGACTATTTCCTGTGAAGAGAG
GTTTGGTTCACGCCTACTGGGCACCCAACTTCTGGGCTCTGTACAACATC
GCTGACAAGGCCGCTACTGCAGTAGCTCTTCGTGCGAAGCTCCTGTCCCC
TGATGACATCACACAGGCCACCATGACAGGGGGGCTGGTACAGGAGTACA
CCCACAATGCACTGCCCACCATCACACCGCTGGTCACAGTCATCCTCACA
CTGGCGGCCATGATGCCTGCTCTGGTGCACCTGTGGAGACGACCGTGCAC
ACCGCGGAACTTCCTGCGTTGCCTCGTCCTTTGTGCCTTCGCTTCCTTCC
TCTTCGGGTACCACGTGCACGAGAAGGCCATCATCCTCATCATCATTCCT
CTCAGTTTGCTGGCAGTAGAAAGTCGGCAGGACGGCCAGGTGTTCCTGCT
GCTCAGCACCTGCGGGCACCTGTCTCTCTTCCCCCTCCTCTACACACAGG
CAGAGACCCCCAGTAAAGTGTGCTTGGTGCTGATTTTCTCACTGTTCGCC
TTCATGTCCCTGGGAGCGCTGCATGGCTCCAGTAGGAGACGGCCGTACTG
CCTCCCCCTCCTCTCCCCTGTGGAAACTGTGTACGTCGTCGGGCTGGTGT
TACTCCAGTTGTACTGCAGTCTGGGCCATCACGCCCTAGGTCTCACCACA
CGCCTGCCCTTCCTCCCTCTCATGCTCACATCAGTCTACTGCGCCCTGGG
GGTTATGTGGTCTTGGCTCAAATTTTACCTCAACACTTTGACCGGCGTGC
ACCATTTAAAACAGTCTTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00485.4Blg00485.4-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1134417..1134809Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1134417..1134809Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1134063..1134130Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1134063..1134130Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1133610..1133736Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1133610..1133736Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1128633..1128736Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1128633..1128736Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1128055..1128175Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1128055..1128175Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1127491..1127630Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1127491..1127630Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1126749..1126888Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1126749..1126888Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1125672..1125769Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1125672..1125769Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1125041..1125113Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1125041..1125113Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1123933..1124235Blg00485.4-exon-Sc0000042-1570713199:1123933..1124235Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000042genomeSc0000042:1123933..1134809 -
Properties
Property NameValue
GeneIDBlg00485